رایان زیست آریا

. 

 **۱. نرم‌افزارهای تحلیل داده‌های ژنتیک و بیوانفورماتیک**  
- **BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)**  
 - **کاربرد**: مقایسه توالی‌های DNA، RNA و پروتئین  
 - **لینک دانلود**: [NCBI BLAST]

- **CLC Genomics Workbench**  
 - **کاربرد**: آنالیز داده‌های NGS، اسمبل ژنوم، آنالیز بیان ژن  
 - **لینک دانلود**: [Qiagen CLC]

- **Geneious**  
 - **کاربرد**: آنالیز توالی‌های DNA/RNA، طراحی پرایمر، تراز توالی‌ها  
 - **لینک دانلود**: [Geneious] 

- **MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)**  
 - **کاربرد**: فیلوژنی، تراز توالی‌ها، آنالیز تکاملی  
 - **لینک دانلود**: [MEGA] 

- **BioEdit**  
 - **کاربرد**: ویرایش و آنالیز توالی‌های بیولوژیکی  
 - **لینک دانلود**: [BioEdit]  

 **۲. نرم‌افزارهای شبیه‌سازی و مدل‌سازی مولکولی**  
- **PyMOL**  
 - **کاربرد**: مدل‌سازی سه‌بعدی پروتئین‌ها و مولکول‌ها  
 - **لینک دانلود**: [PyMOL]

- **Chimera & ChimeraX**  
 - **کاربرد**: تجسم ساختارهای پروتئینی و مولکولی  
 - **لینک دانلود**: [UCSF Chimera] 

- **Swiss-PdbViewer (DeepView)**  
 - **کاربرد**: مدل‌سازی و آنالیز ساختار پروتئین  
 - **لینک دانلود**: [Expasy Swiss-PdbViewer] 

### **۳. نرم‌افزارهای تحلیل داده‌های NGS (Next-Generation Sequencing)**  
- **FastQC**  
 - **کاربرد**: کنترل کیفیت داده‌های NGS  
 - **لینک دانلود**: [FastQC]

- **IGV (Integrative Genomics Viewer)**  
 - **کاربرد**: تجسم داده‌های ژنومی  
 - **لینک دانلود**: [IGV] 

- **Cytoscape**  
 - **کاربرد**: تحلیل شبکه‌های پروتئین-پروتئین و مسیرهای زیستی  
 - **لینک دانلود**: [Cytoscape] 

 **۴. نرم‌افزارهای طراحی پرایمر و PCR**  
- **Primer3**  
 - **کاربرد**: طراحی پرایمر برای PCR  
 - **لینک دانلود**: [Primer3] 

- **OligoCalc**  
 - **کاربرد**: محاسبه خصوصیات اولیگونوکلئوتیدها  
 - **لینک آنلاین**: [OligoCalc]

 **۵. نرم‌افزارهای آماری و برنامه‌نویسی برای بیوانفورماتیک**  
- **R & Bioconductor**  
 - **کاربرد**: تحلیل آماری داده‌های زیستی  
 - **لینک دانلود**: [R Project] | [Bioconductor]  

- **Python (با کتابخانه‌های Biopython, Pandas, NumPy)**  
 - **کاربرد**: برنامه‌نویسی برای تحلیل داده‌های زیستی  
 - **لینک دانلود**: [Python]  

**۶. پایگاه‌های داده و ابزارهای آنلاین**  
- **NCBI (National Center for Biotechnology Information)**  
 - **لینک**: 

- **UniProt**  
 - **لینک**

- **KEGG Pathway**  
 - **لینک

---

**۱. NCBI (National Center for Biotechnology Information)** 

**وبسایت:** 

 **دیتابیس های کلیدی:** 

- **GenBank**: 

  - بزرگترین پایگاه توالیهای DNA، RNA و پروتئین. 

  - هر رکورد شامل **اطلاعات توالی، منبع، مقالات مرتبط** و متادیتا است. 

  - مثال: جستجوی ژن **BRCA1** برای بررسی جهشهای مرتبط با سرطان. 

- **PubMed**: 

  - پایگاه داده مقالات علمی زیست پزشکی. 

  - آموزش **جستجوی پیشرفته** با فیلترهای مانند تاریخ، نویسنده، و کلیدواژه. 

- **RefSeq**: 

  - توالیهای **اصلاح شده و استانداردشده** (برخلاف GenBank که حاوی دادههای خام است). 

  - کاربرد: مقایسه توالیهای ژنی بین گونهها. 

 **نکته عملی:** 

- چگونه یک توالی DNA را در NCBI جستجو و دانلود کنیم؟ (با مثال عملی) 

 **۲. UniProt (پایگاه داده پروتئین)** 

**وبسایت:** (https://www.uniprot.org) 

 **ویژگیها:** 

- **Swiss-Prot**: بخشی از UniProt با توالی های **دستیابی و تفسیرشده** (کیفیت بالا). 

- **TrEMBL**: توالی های ترجمه شده از DNA که بهصورت خودکار تفسیر شده اند. 

- اطلاعات کلیدی: 

  - عملکرد پروتئین، دامنه های ساختاری، اصلاحات پس از ترجمه (مثل فسفریلاسیون). 

  - مثال: جستجوی **پروتئین p53** و بررسی نقش آن در سرطان.