رایان زیست آریا

آیا SNPها می‌توانند باعث بیماری شوند؟

✅ بله، اما نه همیشه!

• SNPهای بیماری‌زا (Pathogenic SNPs):
  • اگر در ناحیه‌ای از ژن رخ دهند که عملکرد پروتئین را مختل کنند (مثلاً در ناحیه کدکننده/رگولاتوری)، می‌توانند منجر به بیماری شوند.
  • مثال‌های کلاسیک:
    • بیماری کم‌خونی داسی‌شکل: جایگزینی A با T در ژن HBB (کدون ۶: GAG → GTG؛ اسید آمینه گلوتامیک اسید → والین).
    • بیماری فیبروز سیستیک: SNP در ژن CFTR (جایگزینی F508del).
• SNPهای خنثی (Neutral SNPs):

  • بیشتر SNPها در نواحی غیرکدکننده (مثل اینترون‌ها) یا نواحی کدکننده‌ای که تغییری در اسید آمینه ایجاد نمی‌کنند (هم‌معنی؛ Synonymous) رخ می‌دهند و معمولاً بی‌تأثیرند.

    ادامه

۲. تفاوت SNP با جهش (Mutation) و واریانت (Variant) چیست؟

این مفاهیم گاهی هم‌پوشانی دارند، اما تعاریف کلیدی متمایزکننده عبارتند از:

🔬 الف. SNP (Single Nucleotide Polymorphism)

• تعریف: تغییر تک‌نوکلئوتیدی در توالی DNA که در بیش از ۱٪ از جمعیت یک گونه دیده شود.
• ویژگی‌ها:
  • فرکانس بالا در جمعیت.
  • ممکن است بیماری‌زا یا بی‌ضرر باشد.
  • مثال: SNP مرتبط با گروه خونی ABO (rs8176719).

⚡ ب. جهش (Mutation)

• تعریف: هرگونه تغییر دائمی در توالی DNA (اعم از تک‌نوکلئوتیدی، درج/حذف، تغییرات ساختاری).
• ویژگی‌ها:
  • ممکن است وراثتی (از والدین) یا اکتسابی (مثل سرطان) باشد.
  • اغلب بار پاتولوژیک دارد (بیماری‌زا است).
  • مثال: جهش در ژن BRCA1 که خطر سرطان پستان را افزایش می‌دهد.

🧬 ج. واریانت (Variant)

• تعریف: هرگونه تفاوت توالی DNA نسبت به مرجع استاندارد (مثل ژنوم مرجع انسان GRCh38).

• انواع واریانت:

  نوع	تعریف	مثال
  Pathogenic	بیماری‌زا	واریانت در ژن TP53 مرتبط با سرطان
  Benign	بی‌خطر	بیشتر SNPها در جمعیت عمومی
  VUS	اهمیت نامشخص	واریانتی که نقش آن نامعلوم است

📊 جدول مقایسه‌ای SNP vs. Mutation vs. Variant

🧪 نکات کلیدی برای درک بهتر:

۱. SNP زیرمجموعه‌ای از واریانت‌هاست:

• همهٔ SNPها واریانت هستند، ولی همهٔ واریانت‌ها SNP نیستند (مثلاً واریانت‌های ساختاری مثل حذف ۵۰۰ نوکلئوتیدی).

۲. "جهش" اغلب برای تغییرات نادر با اثر شدید به‌کار می‌رود:

• در پزشکی، "جهش" معمولاً برای تغییرات پاتوژنیک (بیماری‌زا) استفاده می‌شود، در حالی که SNP می‌تواند خنثی یا حتی مفید باشد.

۳. SNPها می‌توانند خطر بیماری را افزایش دهند:

• حتی SNPهای غیرمستقیم بیماری‌زا (مثل در نواحی رگولاتوری) ممکن است با افزایش احتمال بیماری مرتبط باشند (مثال: SNPهای مرتبط با بیماری‌های قلبی در ژن PCSK9).

۴. تفسیر بالینی واریانت‌ها:

• امروزه با استفاده از پایگاه‌هایی مثل ClinVar، واریانت‌ها بر اساس شواهد بالینی به دسته‌های پاتوژنیک، بنین یا VUS تقسیم‌بندی می‌شوند.

✅ جمع‌بندی:

• SNP: تغییر تک‌نوکلئوتیدی شایع در جمعیت (ممکن است بیماری‌زا باشد یا نباشد).
• جهش: تغییر نادر DNA با اثر عملکردی (غالباً بیماری‌زا).
• واریانت: اصطلاح جامع برای هر تفاوت توالی DNA (شامل SNPها و جهش‌ها).

✨ مثال نهایی:

• SNP بیماری‌زا: rs121908261 در ژن HFE (هموکروماتوز).
• جهش: حذف ۳ نوکلئوتیدی در ژن CFTR (فیبروز سیستیک).
• واریانت بنین: rs9939609 در ژن FTO (بدون اثر بالینی قطعی).