رایان زیست آریا

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) یکی از پرکاربردترین ابزارهای بیوانفورماتیک است که برای مقایسه توالی‌های DNA، RNA و پروتئین استفاده می‌شود. هر نوع BLAST برای هدف خاصی طراحی شده است. در اینجا لیست کامل انواع BLAST را با مثال‌های کاربردی آورده‌ام:
۱. BLASTn (Nucleotide BLAST)

• کاربرد: مقایسه یک توالی DNA یا RNA با بانک‌های اطلاعاتی توالی‌های نوکلئوتیدی.
• مثال:
  • پیدا کردن ژن‌های مشابه در گونه‌های دیگر.
  • تشخیص آلودگی‌های DNA در نمونه‌های آزمایشگاهی.

• بانک داده: NCBI Nucleotide (مثل RefSeq).

  ادامه مطلب

۲. BLASTp (Protein BLAST)

• کاربرد: مقایسه یک توالی پروتئین با بانک‌های اطلاعاتی پروتئینی.
• مثال:
  • شناسایی پروتئین‌های مشابه در موجودات دیگر.
  • پیش‌بینی عملکرد یک پروتئین ناشناخته.
• بانک داده: UniProt, Swiss-Prot.

• ۳. BLASTx (Translated Nucleotide vs Protein)

• کاربرد: مقایسه یک توالی DNA/RNA (پس از ترجمه به ۶ قاب خوانش) با بانک پروتئینی.
• مثال:
  • تحلیل توالی‌های ناشناخته (مثلاً DNA محیطی یا metagenomics).
  • پیدا کردن پروتئین‌های کدشده در یک ژنوم جدید.
• بانک داده: NCBI Protein.

• ۴. tBLASTn (Protein vs Translated Nucleotide)

• کاربرد: مقایسه یک توالی پروتئین با بانک‌های نوکلئوتیدی پس از ترجمه به پروتئین.
• مثال:
  • پیدا کردن ژن‌های مشابه در ژنوم‌های ترجمه‌نشده.
  • شناسایی اگزون‌های کدکننده پروتئین در DNA ژنومی.
• بانک داده: NCBI Nucleotide (ترجمه شده).

• ۵. tBLASTx (Translated Nucleotide vs Translated Nucleotide)

• کاربرد: مقایسه دو توالی DNA/RNA با ترجمه هر دو به پروتئین.
• مثال:
  • تحلیل ژنوم‌های ویروسی یا باکتریایی ناشناخته.
  • پیدا کردن مناطق کدکننده پروتئین در توالی‌های غیرکدکننده.
• بانک داده: NCBI Nucleotide (ترجمه شده).

• مثال واقعی از کاربرد BLAST

• تحلیل ژن مقاوم به خشکی در گندم:
  ۱. توالی DNA ژن را از NCBI دانلود کنید.
  ۲. با BLASTn آن را با ژنوم سایر گیاهان مقایسه کنید.
  ۳. اگر توالی DNA ناشناخته است، از BLASTx برای ترجمه و مقایسه با پروتئین‌ها استفاده کنید.