رایان زیست آریا

**آنالیز فیلوژنتیک (Phylogenetics)** شاخه‌ای از بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی تکاملی است که به **بررسی روابط تکاملی** بین موجودات زنده، ژن‌ها یا پروتئین‌ها می‌پردازد. هدف اصلی، ساخت **درخت فیلوژنتیک** (شجره‌نامه تکاملی) است که نشان می‌دهد اجزای مورد مطالعه چگونه از یک نیای مشترک تکامل یافته‌اند.  

---

• 
  E-value و Bit Score:
• 
  آموزش تفاوت بین E-value (احتمال تصادفی بودن همترازی) و Bit Score (کیفیت همترازی).
  • مثال: E-value < 0.001 معمولاً معنادار است.
• Identity و Coverage:
  • درصد تشابه توالی (Identity) و پوشش توالی (Coverage) را بررسی کنید.
  • مثال: اگر Coverage < 50% باشد، حتی با Identity بالا، نتیجه ممکن است ناقص باشد.

• ادامه

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) یکی از پرکاربردترین ابزارهای بیوانفورماتیک است که برای مقایسه توالی‌های DNA، RNA و پروتئین استفاده می‌شود. هر نوع BLAST برای هدف خاصی طراحی شده است. در اینجا لیست کامل انواع BLAST را با مثال‌های کاربردی آورده‌ام:
۱. BLASTn (Nucleotide BLAST)

• کاربرد: مقایسه یک توالی DNA یا RNA با بانک‌های اطلاعاتی توالی‌های نوکلئوتیدی.
• مثال:
  • پیدا کردن ژن‌های مشابه در گونه‌های دیگر.
  • تشخیص آلودگی‌های DNA در نمونه‌های آزمایشگاهی.

• بانک داده: NCBI Nucleotide (مثل RefSeq).

  ادامه مطلب